W pierwszym etapie do próbki z DNA, dodawane są różnego rodzaju substancje, których zadaniem jest rozpuszczenie błony komórkowej. W wyniku takiej reakcji, z poszczególnych komórek zostanie uwolnione DNA. Gdy to nastąpi, w celu oddzielenia materiału genetycznego od innych komórek, stosuje się odwirowanie. Testy na ojcostwo mogą być przeprowadzane na czystym DNA. PO wykonaniu kilku innych, specjalistycznych czynności, możliwe jest podanie analizy kodu DNA ojca oraz dziecka. Specjalne urządzenie, stwierdzi, jaki jest stopień podobieństwa kodu. Zajmuje to od 20 do 30 minut.

Pod czas tego procesu, praktycznie nie ma mowy o pomyłce. Nie ma osób, posiadających taki sam DNA, by istniało prawdopodobieństwo iż osoby ze sobą niespokrewnione maja tak do siebie podobne DNA.

Należy zdawać sobie sprawę z faktu że ustalenie ojcostwa wpłynie na zmianę życia co najmniej trzech osób. Mowa tutaj o potencjalnym ojcu, matce, oraz dziecku. Jeżeli więc zależy nam jak najbardziej wiarygodnym wyniku, nie powinniśmy wybierać najtańszego rozwiązania.

Wraz ze wzrostem popularności badań genetycznych, na rynku pojawiło się również wielu oszustów! Pobierają oni pieniądze, a badań nie wykonują lub też robią to źle. Jeżeli więc wybraliśmy już laboratorium które wykona testy na ojcostwo powinniśmy skontrolować go po przez prośbę o okazanie certyfikatu jakości. Jeżeli po otrzymaniu wyników, jesteśmy przekonani iż są one błędne, możemy za darmo żądać ich powtórzenia. Warto także wspomnieć że najwyższa cena także nie jest gwarancją najlepszej jakości. Zanim więc wybierzemy jeden z laboratoriów, możemy poszukać opinii na jego temat w internecie. Do tego celu warto wykorzystać  np. fora dla samotnych matek.

Badania tego typu mogą posłużyć jako dowód w sądzie pod czas rozprawy dotyczącej alimentów. Obecnie wiele tego typu badań wykonywanych jest na życzenie obojga małżonków, gdy jedno posądzone jest o zdradę. Koszt tego typu badań jest dosyć wygórowany, ale w uzasadnionych przypadkach, osoba której dotyczą badania, może zostać z nich zwolniona. Okres oczekiwania na wyniki testy na ojcostwo nie powinny przekroczyć 14 dni roboczych.

Jest wiele powodów, dla których warto być ojcem. Nie tylko ten biologiczny związany z naturą, która zaprogramowała nas tak, byśmy dbali o przedłużanie ciągłości gatunku. Oto dziesięć powodów, dla których koniecznie trzeba zostać tatą:

• nie zachodzi domniemanie, że ojcem jest mąż matki

lub

• takie domniemanie zostało obalone.

Sądowego ustalenia ojcostwa żądać może matka dziecka, domniemany ojciec (legitymacja czynna została przyznana domniemanemu ojcu nowelizacją Kodeksu rodzinngo i opiekuńczego w 2008 r., [Ustawa z dn. 6 listopada 2008 r. o zmianie ustawy - Kodeks rodzinny i opiekuńczy oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. Nr 220, poz. 1431)] lub samo dziecko, gdy jednak dziecko osiągnie pełnoletność z żądaniem wystąpić może tylko ono.

Powództwo wytacza się przeciwko domniemanemu ojcu. Gdy mężczyzna ten nie żyje, powództwo wytoczyć można przecwko kuratorowi ustanowionemu przez sąd opiekuńczy. Męzczyzna wyatcza powództwo przeciwko matce dziecka i przeciwko dziecku, a gdy matka nie żyje – przeciwko dziecku

W przypadku, kiedy powództwo zostaje oddalone, ponieważ ekspertyza sądowo-lekarska wykluczyła ojcostwo pozwanego mężczyzny występuje jedna z poniższych sytuacji:

• u kobiety występuje „miesiączka” — u części na kobiet na początku ciąży (tak do 8 tygodnia) mogą wystąpić jedno lub dwa krwawienia w przewidywanym terminie miesiączki, które mogą zostać pomylone z normalnym krwawieniem miesięcznym. Powoduje to, że kobieta może uważać za ojca dziecka mężczyznę, z którym współżyła po ostatniej „miesiączce”;
• kobieta w okresie koncepcyjnym mogła współżyć z kilkoma partnerami, a ponieważ polskie ustawodawstwo pozwala pozywać tylko jednego mężczyznę, to w pierwszej kolejności pozywany jest mężczyzna, którego ojcostwo jest najprawdopodobniejsze (np. stały „chłopak” w danym okresie a nie partner „przygody”) lub najbardziej pożądane (najzamożniejszy z tych mężczyzn);
• celowo pozywany jest mężczyzna niebędący ojcem, przy czym upowszechnienie badań DNA zmieniło nieco charakter tych sytuacji:
  • do czasu wprowadzenia badań DNA powszechnie wierzono, że badania antygenów grupowych krwi i antropologiczne mają niską siłę wykluczeniową (tzn. w przypadku badania grup krwi ABO i Rh prawdopodobieństwo wykluczenia ojcostwa u mężczyzny niebędącego ojcem istotnie wynosiło tylko 0,27, ale od lat 1980 w rzeczywistości badano kilkanaście układów grupowych — MN, Kell, Duffy itd. — oraz antygeny HLA, co dawało prawdopodobieństwo wykluczenia rzędu 0,95, co jednak nie było powszechnie wiadome), więc niektóre kobiety próbowały pozywać np. bogatych sąsiadów, z którymi nie współżyły;
  • ponieważ powszechnie teraz wiadomo, że siła wykluczeniowa badań DNA to co najmniej 0,9999, to obecnie sytuacje opisane powyżej nie mają prawie wcale miejsca. Jednakże równoczesny postęp w metodach wykrywania ciąży umożliwił jej wykrycie dużo wcześniej, to teraz zdarzają się przypadki, że kobieta będąca w ciąży np. z partnerem „przygody” nierokującym płacenia alimentów, stara się doprowadzić jak najszybciej do stosunku z innym mężczyzną („pewniejszym”) i po czym usiłuje przekonać go co do prawdziwości jego „ojcostwa” (a pozew jest elementem tych działań, bo kobieta stara się wtedy odwieść mężczyznę od wykonania badań DNA i przekonać do zawarcia ugody). Działania takie mogą przynieść skutek, ponieważ ciąża jest wykrywana wcześnie, więc mężczyzna nie nabierze podejrzeń, że ciąża trwała krótko, a dziecko jest donoszonym noworodkiem a nie wcześniakiem.
• dziecko zostało zamienione w szpitalu — wyjątkowo rzadkie.

W genetyce, biologii molekularnej oraz inżynierii genetycznej technika polegająca na znajdowaniu liczby powtórzeń motywu w locus. Po raz pierwszy metoda VNTR została zastosowana w procesie tworzenia genetycznej mapy człowieka. Technika VNTR opiera się na analizie tandemowo powtarzających się sekwencjach par zasad o długości kilkunastu do kilkudziesięciu nukleotydów zwanych minisatelitarnym DNA. Liczba powtórzeń sekwencji minisatelitarnych może wynosić nawet do 1000 powtórzeń i jest często zróżnicowana wśród genotypów tego samego gatunku biologicznego co jest powodowane licznymi zdarzeniami rekombinacyjnymi.

RFLP jest wykorzystywany w technice, w której organizmy mogą być różnicowane poprzez analizę wzorów pochodzących z pocięcia ich DNA.

Tą techniką wykrywa się różnice pomiędzy rozmiarami fragmentów DNA pociętych restryktazami. Różnice długości fragmentów DNA powstają w wyniku mutacji, które tworzą lub eliminują miejsca rozpoznawane przez te enzymy. Sekwencje polimorficzne RFLP, które wykrywa się tą metodą, są używane jako znaczniki zarówno w mapach fizycznych jak i genetycznych.

Jest to metoda, która pozwala na wykazanie powiązań rodzinnych poprzez porównywanie charakterystycznych wzorów polimorficznych, które są otrzymywane, gdy określone regiony łańcucha DNA są powielane (szczególnie przy użyciu techniki PCR) i pocięte przez określone enzymy restrykcyjne.

RFLP jest kluczowym narzędziem w rozpoznawaniu DNA, określaniu obecności różnych alleli u osobników. Mapowanie polimorficznych długości fragmentów restrykcyjnych jest także używane w hodowli roślin po to, by wykazać czy cecha taka jak np. odporność na choroby, została odziedziczona. Podobnie jeżeli polimorfizm zostaje wykryty w pobliżu miejsca gdzie występuje defekt genetyczny, RFLP jest wartościowym znacznikiem pokazującym drogę dziedziczenia tego defektu. W szczególności dana osoba może być zidentyfikowana dzięki tej metodzie przy badaniu pozostałości krwi, włosów i nasienia i w związku z tym RFLP jest szeroko używana w kryminalistyce. Z wyjątkiem bliźniąt jednojajowych^[1][2][3] metoda ta pozwala na niemalże pewne odróżnianie poszczególnych osób. Jednak nawet w przypadku identycznych bliźniąt pojawiły się doniesienia o możliwości stosowania tej analizy DNA do ich rozróżnienia^[4].

Pierwszym przestępcą skazanym na podstawie takiego materiału dowodowego był w 1987 brytyjski piekarz Colin Pitchfork, skazany za dwa morderstwa połączone z gwałtem; w 1989 doszło do pierwszego uniewinnienia w oparciu o badanie RFLP – pierwotnie skazany na podstawie relacji świadków na 50 lat więzienia za gwałt i porwanie, Amerykanin Gary Dotson został uniewinniony po przeprowadzeniu badań DNA w kilka lat po rozpoczęciu odbywania wyroku. Gdy stosowanie tej techniki dochodzeniowej zostało nagłośnione, pojawiły się też pierwsze przypadki oszustw: w 1992 kanadyjski doktor John Schneeberger, oskarżony o gwałt na pacjentce, wszczepił we własne ramię zasobnik z obcą krwią i antykoagulantami, by uniknąć pobrania obciążającej go próbki na potrzeby badań. Porównanie fragmentów restrykcyjnych matki, dziecka i domniemanego ojca pozwala także na potwierdzenie lub wykluczenie ojcostwa.

Sekwencjonowanie dokonuje się obecnie głównie za pomocą zautomatyzowanych sekwencjonatorów. Manualne sekwencjonowanie stosuje się przy opracowywaniu nowatorskich metod, w niektórych laboratoriach dla krótkich fragmentów lub podczas ćwiczeń^{[potrzebne źródło]}.

• Przykład sekwencji DNA (początek operonu laktozowego E. coli z GenBank):

GACACCATCGAATGGCGCAAAACCTTTCGCGGTATGGCATGATAGCGCCCGGAAGAGAGTCAATTCAGGG

gdzie: A – deoksyadenozyna; C – deoksycytydyna; G – deoksyguanozyna; T – tymidyna

Sekwencjonowania DNA metodą Sangera z użyciem znakowanych dideoksynukleotydów
A – przykładowa sekwencja DNA
B – przyłączenie startowego oligonukleotydu do nici matrycowej i kierunek syntezy DNA
C – produkty syntezy DNA, zakończone fluorescencyjnieznakowanymi dideoksynukleotydami (kolorowe litery)
D – elektroforegram rozdziału otrzymanej mieszaniny fragmentów w elektroforezie kapilarnej wraz z zidentyfikowaną sekwencją (powyżej)

Metody Historyczne

Historyczną już i wypieraną metodą jest opracowana w 1977 r. metoda Sangera, oparta o syntezę DNA przez polimerazę DNA in vitro^[1]. Do reakcji dodaje się niewielką ilość trifosforanów dideoksynukleotydów (ddNTP), które są wbudowywane w DNA, ale ich dołączenie uniemożliwia dalsze wydłużanie nici. W ten sposób otrzymuje się fragmenty DNA o różnej długości zakończone specyficznym nukleotydem. Produkty reakcji rozdziela się elektroforetycznie, co powoduję ich segregację pod względem wielkości.

Autorem alternatywnej metody sekwencjonowania DNA, z wykorzystaniem specyficznej, chemicznej degradacji DNA, byli Walter Gilbert i Allan Maxam (metoda Maxama-Gilberta)^[2]. Gilbert wraz zFrederickiem Sangerem otrzymali za to osiągnięcie nagrodę Nobla w dziedzinie chemii. Metoda Maxama-Gilberta obecnie jest rzadko stosowana.

Metody współczesne

Obecnie odczyt sekwencji w metodzie Sangera został zautomatyzowany dzięki wykorzystaniu znakowanych fluorescencyjnie trifosforanów dideoksynukleotydów i pozwala na odczyt 300-1000 par zasad z jednej kapilary lub linii na żelu^{[potrzebne źródło]}.

Nowoczesne masowo równoległe aparaty do sekwencjonowania DNA są w stanie pracować z szybkością rzędu milionów par zasad na godzinę^{[potrzebne źródło]}. Tranzystory polowe DNAumożliwiają użycie natywnego DNA w hybrydyzacji do mikromacierzy i odczyt w czasie rzeczywistym.

Nagroda Archon Genomics X PRIZE w wysokości 10 mln dolarów czeka na ośrodek, który będzie w stanie zsekwencjonować 100 genomów ludzkich w ciągu 10 dni^[3]. Pierwsze sekwencjonowanie genomu człowieka zajęło wiele lat (zob. Projekt poznania ludzkiego genomu).

Nowoczesne metody sekwencjonowania DNA są na tyle tanie, iż setki tysięcy osób zapłaciły za zbadanie swojego DNA i wzięły udział w Projekcie Genograficznym. Ta względna taniość umożliwiła również rozwój m.in. genetyki genealogicznej oraz wielu rodzajów badań testujących obecność mutacji.

Metody rozwojowe

• pirosekwencjonowanie; jego wersja „sekwencjonowanie 454″ pozwala odczytać 300 MBp na dzień w jednej maszynie. Metoda ta jest szczególnie przydatna do sekwencjonowania aDNA.
• bezpośredniego odczytu^{[potrzebne źródło]}:
  • nanosekwencjonowanie. Przesuwająca się cząsteczka DNA poprzez centrum aktywne modyfikowanych polimeraz jest odczytywana bezpośrednio. Szybkość takiego odczytu może dochodzić od 300 Bp/s dla pojedynczego nanometrowego czujnika^[4].
  • mikroskopowe

Historia rozwoju metod sekwencjonowania DNA

• 1953 – opracowanie modelu podwójnej helisy DNA przez Jamesa Watsona i Francisa Cricka
• 1972 – opracowanie sposobów izolacji materiału do dalszych badań. Rozwój technologii rekombinacji umożliwiający izolację dowolnych fragmentów DNA i ich replikację.
• 1977 – Allan Maxam i Walter Gilbert ogłaszają publikację pt. Sekwencjonowanie DNA przez chemiczną degradację. W tym samym czasie Sanger opublikował też metodę sekwencjonowania DNA przez syntezę katalizowaną enzymatycznie.
• 1980 – Fred Sanger i Walter Gilbert otrzymali nagrodę Nobla
• 1982 – utworzono Genbank – publicznie dostępną bazę danych sekwencji DNA
  • Andre Marion i Samuel Eletr utworzyli firmę Applied Biosystems, która w tym okresie zdominowała automatyczne sekwencjonowanie DNA
• 1982 – Akiyoshi Wada zbudował roboty sekwencyjne dla firmy Hitachi.
• 1984 – badacze z MRC odczytali kompletną sekwencję wirusa Epstein-Barr, 170 kb.
• 1997 – zsekwencjonowano 5Mb genom bakterii Escherichia coli.
• 2001, 15 lutego – Konsorcjum HUGO opublikowało sekwencję genomu ludzkiego w Nature.
• 2001, 16 lutego – firma Celera Genomics opublikowała sekwencję genomu ludzkiego w Science.